Frequently Asked Questions


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  • 事務局でご用意いただいたPCで参加した場合,実習で使ったファイルを自前のPCで使用するためにいただけるのでしょうか.
  • 実習は,目の前で操作するPCで計算をするのではありません.このPCはあくまでPCクラスターにログインするための端末です.全ての計算はログイン先のPCクラスターで行います.そのデータやソフトウェアも持って帰っていただけますが,そのときはPCクラスターから端末のPCにそれらをコピーし,それを更にUSBメモリなどにコピーして持って帰っていただけます.持って帰っていただいたあとは,ご自身のLinuxの環境にコピーして再コンパイルすれば使用いただけますが,Machikaneyama以外のソフトウェアは数値計算ライブラリが必要なため,これをご自身でご準備できない場合はコンパイルが出来ませんので,使用できません.コンパイルはそれぞれのソフトウェアのソースコードのところにあるMakefileを見れば分かるのですが,初心者にはライブラリの準備などが難しいと思われます.そこも勉強したいということでされるのであれば結構ですが,計算の練習が目的であったり,ソフトウェアの移植が目的であるならば別途ご相談いただいてこちらの計算機を利用されるなどをお勧めします


  • 実習で使ったファイルは持って帰れますか?
  • 実習で使ったファイルは,ソースコードを含めて全て持って帰っていただけます.但し,帰られてからネットワーク越しにPCクラスターに接続するには公開鍵の設定をしないといけませんので,一番簡単には,ワークショップの最後にUSBメモリなどにコピーして持って帰られるのがよいと思います.但し,実行ファイルはご自身のLinuxの環境で再コンパイルしないと動作しません.Windowsの環境ではMachikaneyama以外は動作しません.
    あと,今ある「事務局でご用意いただいた…」のものを以下のようにしたいと思います.


  • PCクラスターに接続する方法を教えてください
  • 今年度からPCクラスターの接続は,公開鍵方式+passphraseに変更しました.   Linuxの環境では, ssh-keygen -t rsa とすると,デフォルトでは.ssh/というディレクトリに公開鍵と秘密鍵のペア(id_rsaとid_rsa.pub)が生成されます.そのとき,passphraseを必ず入力してください.このうち公開鍵id_rsa.pubをこちらにお送りください.こちらでauthorized_keysとして用意したアカウントに設定します.公開鍵について分からない場合はgoogleで検索すればたくさん説明が見つかりますので調べて見てください.


  • 宿泊場所は自分で準備するのでしょうか?
  • CMDワークショップは、阪大キャンパスで開催される場合と合宿形式で開催される場合があります。 阪大キャンパス開催の場合は、必要に応じ、ご自身で宿泊先をご準備頂いております。


  • どのコースを選択したら良いですか?基準は?
  • ビギナーコースは大学院生の実習でもあることから、学部卒の基本的な知識があれば、UNIXの経験はなくても参加は可能です。コースの中にUNIX講座を設けています。ただし、もちろん自身である程度習得されているほうが望ましいです。
    As beginner course is hands-on for graduate students, if you have basic knowledge of undergraduate, it is possible to take the course without knowledge of UNIX. We set UNIX course in the course. But, it is preferable to learn at some level by yourselves.
    アドバンストコースはビギナーコースの発展的な位置づけでUNIXの基礎はあるものとして進められます。最低限エディターでのファイル操作が問題なく出来る必要があります。
    Advanced course positions as evolving of beginner course
    スパコンコースには、第一原理計算での研究の経験がいくらかあることを前提とします。初歩的な説明などはなく、実践的な実習のみになります。研究の経験が豊富でもUNIXの操作の経験がない、第一原理計算コードでの計算の経験がない方は参加できません。


  • アドバンストコースを考えていますが、コードのことが良く分からず、どれを選択したら良いか分からないのですが。
  • HPに簡単なコードの説明と、その先に各コードのHPがリンクされていますので、そちらで各コードの特徴をご確認ください。参考までに各コードのカタログをHPに載せてあります。その中に、どのような実習をしたのかが書かれています。 ご自身の研究やご関心と合うものをお選びください。なお、実習内容は毎回少しずつ更新されておりまして、必ずしも同じ内容の実習が行われるとは限りません。その時その時の受講生の興味に合わせて内容が選ばれることがあります。 必ずしも希望がかなえられるわけではありませんが、申込書の研究対象物質などの記述は講師には伝えられます。


  • HPではエキスパートコースのプログラムが掲載されておりません。エキスパートコースについて教えてください。
  • エキスパートコースは受講生の希望内容と講師の都合により判断して開催するかどうか決めております.多くの場合,課題が明確で使うソフトウエアも決まっていて,従って講師も決まっているという場合になります.ですので,いきなりのエキスパートコースの参加は普通ありません。また,UNIXのコマンドからということも含まれません。 いきなり共同研究に近いレベルのテーマで,第一原理計算の経験がすでに少しはあることが前提です。そうでないと,ビギナーコースレベルの個人レッスンになってしまいます。また,仮にエキスパートコースが開設されたとしても,プログラムは先端研究事例の講義など以外はスパコンコースと同じ感じです。 スパコンコースでは,使うソフトウエアは決まっていますがテーマは各自のテーマを持ち寄って講師と相談しながら進める事になっていますので,各自のテーマが今回のソフトウェアで計算するのに適していればエキスパートコースに近い実習になると思います。 つまり,これらのコースは第一原理計算のいくつかの手法の特徴が分かっていて,自身のテーマにはどのコードが適しているかが分かっているレベルであるということです。すでに業務で第一原理計算での解析をされているというのであれば,その系を扱うに適している,あるいは講師が得意としているものを選ぶほうが良いと思います。 それぞれのソフトウエアの概要はHPにありますので,それを参考にしてください。それでわからない部分はまたご質問いただければできる限りお答えいたします。


  • 阪大社会人ナノプログラムのコース1ではCMDワークショップの参加が必修になっていますが,改めて申込書を送る必要があるでしょうか?
  • ナノプログラム受講生の方でも必ずCMDワークショップ事務局に申し込みをお送りください。CMDワークショップは9月と2月の2回の開催で、どちらに参加されるかは申込み頂かないと把握できません。 申し込みは、9月及び2月の開催のCMDワークショップのHPが6月及び11月頃更新されますので、そのころ以降に申し込んで頂ければと思います。ナノプログラム受講生は必修ですので選考はありません。


  • ランプセッションはどのようなことを行うのですか?
  • ランプセッションでは基本的には自由な議論の場として時間を取っているだけで特に準備が必要なわけではありません。こちらで提供している内容以外の議論が講師や受講生としたいというのであれば、この時間を利用してやって頂ければと思います。 また自由参加ですが、こちらで用意をするものとしては、通常Windowsパソコンの環境しかない方が多いので、Linux環境を簡単にセットアップする方法のいくつかを紹介することもしております。ワークショップを終わった後も継続した勉強や計算のトレーニングがしたい場合どのようにするのかのアドバイスを行っております。 もしこの時間にワークショップのプログラムにない何かをやりたいというのであれば、その準備をされて臨まれてもよいかと思います。ただ出来ることと出来ないことがありますので、分からない場合は事前にご相談頂ければと思います。


  • 合宿形式での開催時、自宅から通える場合は、宿泊なしで参加することは可能ですか?
  • 原則合宿形式での参加ですので,通いでの参加は基本的には認めておりません。自宅が近いということであれば特例として認めることもあります。ただし,自宅に帰るからという理由で懇親会に不参加ということは認められません。受講生同士の交流の場もワークショップの大事なプログラムの一環と考えております。また,車やバイクでの通いも認めておりません.特別な事情がある場合のみ個別にご相談ください。


  • テキストは配布されますか?
  • 講師の先生方には、ワークショップ開催1週間前を目安にご用意いただいております。 事務局からは、参加再確認ができた方にダウンロード用のページ、ID/パスワードをご連絡し、参加者ご自身でダウンロードや印刷をお願いしております。 また、一般的なCMDのテキストは 計算機マテリアルデザイン入門となります。


  • 一度参加したことがあるのですが、再度申し込みすることはできますか?
  • 申し込み可能です。


  • 懇親会に参加しなくてもよいという選択はありますか?
  • 懇親会は原則全員参加でお願いしています。参加者と講師、あるいは、参加者同士の交流を深めることは、ワークショップ期間のみならず、その後の各人の研究や仕事上プラスとなる可能性がありますし、学生であれば、社会人の方々との交流は就職活動の参考にもなるはずですので、不参加ということは認めておりません。


  • 持込ノートPCはUNIX/Linux環境でもよろしいでしょうか?また、Cygwinという、Windowsオペレーティングシステム上で動作するUNIXライクな環境でもよいですか?あるいはMacでは?
  • UNIX・Linuxどちらでも結構です。X Window Systemが動いていれば大丈夫です。普通に使う上でUNIXとLinuxの差を感じることはありません。
    Windowsの場合、Cygwinをインストールして持ってきていただいても構いませんが,X Windowが起動している状態でないと実習はできません。そこまでご自分で用意出来るようでしたら構いませんが, 単にCygwinを入れただけでは当日困るかもしれません。あるいはデュアルブートになりますが,Ubuntuをインストールする方法もあります。Windows側から見れば単にUbuntuというソフトがあるように認識されていますので,気に入らなければコントロールパネルのアンインストールで削除できます。
    Macを用意して頂ければ一番簡単です。 デフォルトでX Windowが使えます。Mac OSX 10.8(Mountain Lion)よりデフォルトでX Window System(X11.app)がインストールされなくなりました。お持ちのMacでX Window Systemがインストールされていなければこちらの XQuartz よりインストールしてください。
    このような環境設定に時間がかかるようでしたら,こちらで用意するPCを利用していただくほうが無難です。そして,こちらでどういうふうに用意するのか聞いて頂ければ良いと思います。


  • 持込ノートPCにつきまして、私の使っているノートPCはLinuxの Ubuntuですが、こちらでも問題ないでしょうか?Ubuntu自体に自分でソフトのインストールなどをした経験はありませんが、自前のPCを持ち込んだ方用にそちらでお配りいただくデータのインストールの仕方の説明などはいただけるのでしょうか?
  • ビギナーコースでの実習では特にUbuntuに何かをインストールしておく必要はありません。単なる端末として使うだけですので,PC自体にもほとんど負荷はかかりません。計算はすべてこちらのPCクラスターでやります。その結果を見たりファイルを変更したりするのにX Window Systemがある方が圧倒的に便利ですので,UNIXやLinuxの端末で我々は使っています。 Ubuntuにはターミナルがデフォルトでありますので,それをサイドパネルに出しておいていつでも使えるようにしておけば,それだけで十分です。MachikaneyamaならFortranコンパイラのgfortranをインストールしておけば,同じ計算がUbuntu上でできますが,ほかのソフトはライブラリが必要ですので,それをインストールできれば可能ではありますが,ごく小さい系以外は事実上計算時間がかかりすぎて大変です。 自前のPCを持ち込むということは,データをそこにコピーしてそのまま持ち帰って簡単な練習はできるということがメリットとしてあります。やることは,コンパイラを入れているかを確認しMakefileをそれにあわせて書き直すだけです。 ライブラリをインストールする方法もできなくはないですが,STATE-SenriやABCAPをご自身のPCで使うというのはあまりお勧めしません。計算時間がかかるからです。それならば,こちらで一般の方向けのPCクラスターを用意していますので,そちらでアカウントを作ったほうがずっと簡単です。詳しくは当日でも聞いてください.


  • All the courses are English?
  • Usually, most participants are Japanese students(M.S or Ph.D course) or researchers who belong to a company or University etc... The official language depends on the amount of participants who come from foreign countries. Hands-on practices can be given in English and Japanese completely. However, lectures of case studies may be given in Japanese or English, depending on speakers. The texts and contents(PPT files)can be given in English. We have several tutors and they support the hands-on practices by English.


  • What are some materials and books that the participants can read prior to coming to the CMD workshop?
  • The texts of this workshop will be uploaded on the Web site of the workshop from the end of previous month.